国内航线

复兴航空飞航国内台北、高雄、花莲、金门、马公等五个据点五条航线，提供每天约70个班次的飞航服务。

国际航线

国际则有台北-澳门（每周35班）、高雄-澳门（每周14班）、台北-釜山（每周7班）、台北-济州(每周2班)、松山-上海（每周2班）、松山—厦门/广州（每周2班）六条定期航线。并与上海、 厦门、山东等三家中国大陆航空公司联程转运合作，经澳门转机至上海（每天2班）、厦门（每天1班）、福州（每天1班）、杭州（每天2班）、北京（每天1班）、南京(每周5班)、深圳（每天1班）等内地 重要城市。另有不定期飞航韩国、美娜多及东南亚各地包机。